Projekt je koordinován Ministerstvem životního prostředí, podle schváleného projektového dokumentu a projektových požadavků národní výkonné kanceláře UNDP/GEF.
Ministerstvo životního prostředí je zodpovědné za koordinaci projektu jak na národní úrovni, tak na místní úrovni. Projekt však není možné úspěšně realizovat bez aktivní spolupráce s Ministerstvem zemědělství.

V úvodní fázi projektu budou základní informace o projektu, ujednání, plán práce a podmínky realizace, úlohy jednotlivých orgánů státní správy a projektových partnerů, projednány a schváleny na operativních poradách ministrů životního prostředí a zemědělství.

Informační materiál o projektu byl předložen NŘP panem Ing. M. Pastvinským do OPM MŽP dne 16.6. 2006. Materiál byl na poradě ministra životního prostředí projednán a schválen.

Informační materiál o projektu byl dne 13.6. 2006 předám předsedou správní rady FOA MZe, k rukám náměstkyně ministra pro strukturální politiku a vnější vztahy Ing. Hany Haidlerové a vrchního ředitele strukturálního úseku Ing. Martina Fantyše k projednání v OPM ministra zemědělství. Materiál dosud nebyl na poradě ministra zemědělství projednán.

Úloha Ministerstva životního prostředí
a)Je výkonným úřadem projektu, který je zodpovědný za koordinaci projektu na národní úrovni.

b)Je odpovědné za koordinaci projektových aktivit a za využívání zdrojů GEF/UNDP.

c)Je odpovědné za interakce mezi příslušnými organizacemi státní správy, veřejnými organizacemi, výzkumnými ústavy a soukromými organizacemi.

d)Je odpovědné za zajištění spolufinancování projektu podle schváleného projektového dokumentu, avšak pouze v rámci příslušných věcně odpovídajících programů MŽP a to v rozsahu finančních objemů každoročně přidělovaných prostředků AOPK s účelovým vázáním pro CHKO Bílé Karpaty a CHKO Beskydy bez jejich navýšení z titulu spolufinancování tohoto projektu. Spolufinancování nebude mít dopad do rozpočtu výdajů kapitoly 315 - MŽP na příslušný rok.

e)Je strategickým projektovým partnerem na úrovni ústřední státní správy, který ovlivňuje vytvoření budoucích agro - ekologických opatření.

f)Celkovým koordinátorem projektu, zejména vztah ke GEF a UNDP, řešitelskému týmu a Ministerstvu zemědělství je odbor rozvojové a projektové spolupráce, ředitel odboru Ing. Michal Pastvinský.

g)Přímým projektovým partnerem na národní úrovni (zejména účast AOPK) je odbor finančních nástrojů v ochraně přírody a krajiny, ředitel odboru Ing. Petr Pařízek.

h)Je nadřízeným orgánem AOPK ČR a jejím prostřednictvím Správ CHKO Beskydy a Bílé Karpaty, taktéž orgánů státní správy přímo zapojených do projektu na odborné a provozní úrovni. Odborníci na biologickou rozmanitost a ochranu přírody z řad zaměstnanců SCHKO budou klíčovými odborníky na regionální úrovni. Budou odbornými spolupracovníky projektového týmu RO. Budou se podílet na aktivitách projektu na regionální úrovni, jednání se zemědělci a budou působit v oblasti vlivu zemědělské politiky na biologickou rozmanitost.

i)Je garantem za zajištění závazku spolufinancování projektu ve výši 31.000,- USD během třech let realizace projektu, formou pracovní účasti odborníků - zaměstnanců AOPK ČR a SCHKO Bílé Karpaty a Beskydy.

j)Je odpovědné za mezinárodní prezentaci zkušeností získaných v projektu dalším členským státům ES.

Úloha Ministerstva zemědělství
a)Je partner projektu na úrovni ústřední státní správy, který ovlivňuje zemědělskou politiku a je odpovědné za realizaci strukturální politiky.

b)Přímým projektovým partnerem je odbor řídící orgán HRDP, ředitel odboru Ing. Ivan Landa, CSc.

c)Je odpovědné za zřízení meziresortní pracovní skupiny pro udržitelné obhospodařování a péči o horské trvalé travní porosty ve spolupráci s MŽP, jejímž úkolem bude sledovat a vyhodnocovat výsledky získané realizací projektu a usilovat o jejich přenos a napodobení do celé národní sítě CHKO.

d)Je odpovědné, že projekt napomůže vypracovat strategické rozhodnutí o dalších programech strukturální politiky v chráněných krajinných oblastech ČR.

e)MZe bude ovlivňovat činnosti zemědělců ve dvou cílových regionech prostřednictvím současných podpor, což je v rámci projektu považováno za formu národního spolufinancování projektu. Toto spolufinancování bude činit 7.700.000,- USD, během tří let realizace projektu.

f)MZe je odpovědné za tvorbu a realizaci dotačních programů pro zemědělce. Ministerstvo životního prostředí schvaluje tyto programy financování podle požadavků fondů ES. Spolupráce obou ministerstev v České republice v oblasti ochrany přírody a biologické rozmanitosti je tradičně dobrá. Aby se usnadnila účinná spolupráce jsou navrženy struktury projektu takovým způsobem, který umožňuje společný dialog. MZe bude hrát významnou roli jako člen Řídícího výboru projektu, tak i Rady projektu.

g)Je odpovědné za využití výsledků projektů a jejich zapracování do dotačních programů ve zkušebních regionech projektu.

h)Výzkumný ústav zemědělské ekonomiky (VÚZE) je zapojen do přípravy agro - ekologických opatření a opatření pro strukturální politiku. Odborníci ústavu připraví návrhy pro MZe na transformaci nástrojů strukturální politiky v oblasti podpory biologické rozmanitosti. VÚZE je také přímý partner projektu s naturálním spolufinancováním ve formě pracovní účasti odborníků - zaměstnanců ústavu, které činí celkem 85.000,- USD.